Im Jahr 2000 startet das Projekt der „Neuen Organisation, Verantwortung und Motivation“. Seit 2004 sind die Therapeutische Leitung und die Fachkompetenz-Leitung innerhalb einer neuen Führungsebene für den gesamten Therapiebereich verantwortlich. Die Therapeutische Leitung ist dezentral organisiert. Sie ist für die gesamte Steuerung der Therapiebereiche eines Klinikstandortes zuständig, von der Mitarbeiterführung, dem Personaleinsatz über die Optimierung der Behandlungspläne bis zur Urlaubs- und Fortbildungsplanung. Dahingegen sorgt die Fachkompetenz-Leitung standortübergreifend für die Umsetzung, Einhaltung und Weiterentwicklung fachlicher Qualitätsstandards. Beide Führungsbereiche grenzen Zuständigkeiten klar ab und bündeln Kompetenz.
Ein wichtiges Gremium wurde 2007 neu geschaffen: der Beirat der Kliniken Schmieder berät das Direktorium in allen Geschäftsführungs- und Zukunftsfragen. Er setzt sich zusammen aus den Gesellschafterinnen und Persönlichkeiten des Gesundheitswesens und der Wirtschaft.
2010 wird eine neue Klinik Geschäftsführungs-GmbH gegründet und Geschäftsführer ernannt. Die seit 2005 Generalbevollmächtigten Dipl.-Kfm. Bruno Crone und Dr. Ulrich Sandholzer verantworten nun als Geschäftsführer die Bereiche Vertrieb und Klinikmanagement sowie Finanzen und die kaufmännische Verwaltung. Frau Dr. Dagmar Schmieder ist als Geschäftsführerin für die Bereiche Medizin und Therapie verantwortlich. Der Geschäftsführung und dem Vorstand der Prof.-Friedrich-Schmieder-Stiftung steht zudem der Ärztliche Leiter Neurorehabilitation in Allensbach, Prof. Dr. Joachim Liepert, für alle medizinischen Fragen zur Seite.
Mit der Eröffnung der Kliniken Schmieder Heidelberg im Jahr 2001 schlossen die Kliniken Schmieder auch für das Rhein-Neckar-Gebiet eine Versorgungslücke in der Neurologischen Rehabilitation. In Stuttgart erweiterten sie im Jahr 2009 ihre Bettenkapazitäten und in Heidelberg im Jahr 2010/2011 für insgesamt rund 24 Millionen Euro. Eine zukunftsweisende Entscheidung, zumal die Bevölkerung in Baden-Württemberg langfristig wachsen wird und die neurologischen Erkrankungen durch die demographischen Entwicklungsprognosen zunehmen werden.
